Первая сессия Верховного Совета Молдовы 23 июня 1990 года приняла Декларацию о суверенитете Советской Социалистической Республики Молдова. 23 мая 1991 года название государства изменилось на Республика Молдова. 27 августа 1991 года Республика Молдова провозгласила независимость от СССР.
Ещё в августе 1989 года власти Молдовы решили "считать флагом МССР сине-жёлто-красный триколор с гербом республики на жёлтом фоне". Официальный герб республики в то время ещё не был утверждён (вернее формально продолжал действовать советский герб). Можно считать, что в центр триколора нужно было помещать советский герб МССР. Но автору не известны случаи использования такого флага... К тому же введение нового флага не было законодательно завершено, не изменилась соответствующая статья Конституции и т.п. На демонстрациях и митингах в конце 1980-х годов использовались сине-жёлто-красные флаги, иногда с элементами исторического герба Молдавии, головой буйвола или тура, звездой, полумесяцем, розой, в центре жёлтой полосы. Элементы герба выполнялись обычно коричневым или чёрным цветом.
27 апреля 1990 года Верховным Советом МССР принято Положение о Государственном флаге Молдавской ССР. Им стал исторический сине-жёлто-красный триколор с гербом республики в центре. Отношение длины флага к ширине устанавливалось равным 2:1, а ширины герба к длине флага 1:5.
3 ноября 1990 года Верховный Совет РССМ принимает Закон о гербе Молдовы, внесший соответствующие изменения в статью 167 Конституции. С тех пор гербом Молдовы стал "пересечённый по горизонтали щит, в верхней части которого красное поле, в нижней - синее; в центре щита изображена голова зубра, между рогами которого - восьмилучевая звезда, справа от головы - пятилепестковая роза, слева - полумесяц, обращённые и слегка наклоненный вправо. Все элементы на щите золотистые (жёлтые); щит помещён на груди орла, изображённого в натуральную величину, держащего в клюве золотой крест (орёл-крестоносец), в когтях правой лапы - зелёную оливковую ветвь, левой - золотой скипетр".
Cогласно версии авторов герба госпожи Марии Догару, доктора исторических наук и вице-председателя национальной комиссии по геральдике Румынии, и художника-графика Георге Врабие орёл-крестоносец символизирует латинские традиции молдаван, потомков дако-римлян, крест - христианство, оливковая ветвь - стремление к миру и преобразованиям на основе соблюдения прав человека, скипетр - суверенитет. В общем же новый герб поразительно напоминает герб Румынии. Что неудивительно: в то время в Молдавии были очень популярны идеи воссоединения с Румынией, что и нашло отражение в символике.
Конституция Республики Молдова, принятая 29 июля 1994 года, оставила национальные символы без изменения; они описаны в статье 12 раздела 1.
Правда, в Конституции 1994 года не описаны пропорции полотнища. По некоторым сообщениям ныне длины сторон флага соотносятся как 3:2, ширина герба равна 1/3 ширины полотнища, а официальные оттенки цветов - RGB No 0000AD, No FFDE00, No DE2110. К сожалению у автора нет текстов законодательных актов об этом изменении пропорций.